La gestion du projet est confiée à deux comités, le Comité de Pilotage, composé par des représentants de tous les partenaires, ayant l'objectif d'assurer la coordination du projet ainsi que sa complète réalisation, et le Comité Technique Scientifique, composé de référents scientifiques nommés par les partenaires (des experts généralistes et en méthodologie, des experts légaux dans les thèmes de l'environnement, des urbanistes, des experts en gestion et protection de l'environnement), qui doit coordonner la partie scientifique et est responsable pour le contrôle de qualité.